我國海關特殊監管區曾有保稅區、出口加工區、保稅物流園區、保稅港區、綜合保稅區、出口監管倉庫、進口保稅倉庫、保稅物流中心（A）型、保稅物流中心（Ｂ）型、珠海跨境工業園區、霍爾果斯邊境合作區等共計10余種。
    2008年王岐山副總理聽取海關盛光祖署長就海關特殊監管區整合工作專題報告指出：海關特殊監管區功能、政策、監管方式無統一模式，成為阻礙各類海關特殊監管區發展的主要問題，因此必須加快海關特殊監管區功能整合工作，將現有海關特殊監管區整合為統一的海關特殊監管區域確有必要，而且時機也基本成熟。經我們與上級部門對接，海關特殊監管區整合目標是全部要整合為綜合保稅區或保稅港區，目前暫時保留四種申報種類，以政府為申報主體的出口加工區、綜合保稅區、保稅港區和以企業為申報主體的保稅物流中心（B型）。
    一、保稅港區與綜合保稅區
    保稅港區是指經國務院批準，設立在國家對外開放的口岸港區和與之相連的特定區域內，具有口岸、物流、加工等功能的海關特殊監管區域。綜合保稅區是指經國務院批準設立在內陸地區的具有保稅港區功能的海關特殊監管區域，由海關參照有關規定對綜合保稅區進行管理，執行保稅港區的稅收和外匯政策。它和保稅港區一樣，是我國目前開放層次最高、優惠政策最多、功能最齊全、手續最簡化的特殊開放區域。它整合原來保稅區、保稅物流園區、出口加工區等多種外向型功能區后，成為更為開放的一種形態，也更符合國際慣例。
    保稅港區和綜合保稅區可以開展的業務：（1）存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物；（2）國際轉口貿易；（3）國際采購、分銷和配送；（4）國際中轉；（5）檢測和售后服務維修；（6）商品展示；（7）研發、加工、制造；（8）港口作業；（9）經海關批準的其他業務。
    二、出口加工區
    指一個國家或地區為利用外資、發展出口導向工業、擴大對外貿易而設立的以制造、加工或裝配出口商品為主的特殊區域。
    出口加工區可以開展下列業務：（1）存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物；（2）國際采購、分銷和配送；（3）檢測和售后服務維修；（4）研發、加工、制造。
    三、保稅物流中心（B型）
    保稅物流中心（B型）（以下簡稱物流中心）是指經海關批準,由中國境內一家企業法人經營，多家企業進入并從事保稅倉儲物流業務的海關集中監管場所。
    （一）經海關批準可存入物流中心的貨物：（1）國內出口貨物；（2）轉口貨物和國際中轉貨物；（3）外商暫存貨物；（4）加工貿易進出口貨物；（5）供應國際航行船舶和航空器的物料、維修用零部件；（6）供維修外國產品所進口寄售的零配件；（7）未辦結海關手續的一般貿易進口貨物；（8）經海關批準的其他未辦結海關手續的貨物。
    （二）設立物流中心應當具備的條件：（1）物流中心倉儲面積,東部地區不低于10萬平方米，中西部地區不低于5萬平方米；（2）符合海關對物流中心的監管規劃建設要求；（3）選址在靠近海港、空港、陸路交通樞紐及內陸國際物流需求量較大，交通便利，設有海關機構且便于海關集中監管的地方；（4）經省級人民政府確認，符合地方經濟發展總體布局，滿足加工貿易發展對保稅物流的需求；（5）建立符合海關監管要求的計算機管理系統，提供海關查閱數據的終端設備，并按照海關規定的認證方式和數據標準，通過“電子口岸”平臺與海關聯網，以便海關在統一平臺上與國稅、外匯管理等部門實現數據交換及信息共享；（6）設置符合海關監管要求的安全隔離設施、視頻監控系統等監管、辦公設施。
    （三）中心內企業可以開展的業務：（1）保稅存儲進出口貨物及其他未辦結海關手續貨物；（2）對所存貨物開展流通性簡單加工和增值服務；（3）全球采購和國際分撥、配送；（4）轉口貿易和國際中轉；（5）經海關批準的其他國際物流業務。
    （四）中心內企業不得在物流中心內開展的業務：（1）商業零售；（2）生產和加工制造；（3）維修、翻新和拆解；（4）存儲國家禁止進出口貨物，以及危害公共安全、公共衛生或者健康、公共道德或者秩序的國家限制進出口貨物；（5）法律、行政法規明確規定不能享受保稅政策的貨物；（6）其他與物流中心無關的業務。
    （五）申報設立的材料及審批程序： 申請設立物流中心的企業應當向直屬海關提出書面申請，并遞交以下加蓋企業印章的材料：（1）申請書；（2）省級人民政府意見書（附可行性研究報告）；（3）企業章程復印件；（4）企業法人營業執照復印件；（5）法定代表人的身份證明復印件；（6）稅務登記證復印件；（7）會計師事務所出具的驗資報告等資信證明文件；（8）物流中心所用土地使用權的合法證明及地理位置圖、平面規劃圖。同時，物流中心內只能設立倉庫、堆場和海關監管工作區。不得建立商業性消費設施。設立物流中心的申請由直屬海關受理，報海關總署審批。